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經勞動部門批準，特定崗位員工實行綜合計算工時工作制和不定時工作制（統稱為特殊工時制）的，在計發加班工資時需要考慮特殊工時制的特殊情況，法律也作了一些有別于標準工時制的特別規定。
1.實行綜合計算工時工作制的加班工資支付。
①超時部分視為延長工作時間，統一按照150%的標準支付加班工資。工資支付暫行規定第十三條規定，經勞動行政部門批準實行綜合計算工時工作制的，其綜合計算工作時間超過法定標準工作時間的部分，應視為延長工作時間，并應按150%的標準支付勞動者延長工作時間的工資。
②法定休假日勞動的按照300%的標準支付加班工資，其他超時部分按照150%的標準支付加班工資。江蘇省工資支付條例第二十二條、廣東省工資支付條例第二十二條、深圳市員工工資支付條例第十九條、均規定，經人力資源社會保障行政部門批準實行綜合計算工時工作制的，勞動者在綜合計算周期內總的工作時間超過總法定工作時間的部分，視為延長工作時間，用人單位應當依照150%的標準支付勞動者加點工資。勞動者在法定休假日勞動的，用人單位應當依照300%的標準支付勞動者加班工資。北京市工資支付規定第十六條規定，用人單位經批準實行綜合計算工時工作制的，在綜合計算工時周期內，用人單位應當按照勞動者實際工作時間計算其工資；勞動者總實際工作時間超過總標準工作時間的部分，視為延長工作時間，應當按照150%的標準支付加班工資；安排勞動者在法定休假日工作的，應當按照300%的標準支付加班工資。
2.實行不定時工作制的加班工資支付。
①實行不定時工作制的，不適用勞動法關于加班的規定。工資支付暫行規定第十三條規定，實行不定時工時制度的勞動者，不執行上述規定（加班工資支付的規定）。江蘇省工資支付條例第二十五條、廣東省工資支付條例第二十三條、北京市工資支付規定第十七條均規定，經人力資源社會保障行政部門批準實行不定時工作制的，不執行加班工資支付的規定。
②實行不定時工作制的，在法定休假日工作的，應當按照300%的標準支付加班工資。深圳市員工工資支付條例第二十條、上海市企業工資支付辦法第十三條均規定，用人單位安排實行不定時工作制的員工在法定休假節日工作的，按照不低于員工本人正常工作時間工資的百分之三百支付員工加班工資。
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