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增值稅是流轉稅，我國一般納稅人增值稅施行的是進項抵扣制。
實繳增值稅＝銷項稅－進項稅
＝（收入*稅率－成本*稅率）
＝（收入－成本）*稅率
＝毛利*稅率
增值稅稅負率＝實繳增值稅÷收入
增值稅稅負率＝毛利*稅率÷收入
＝毛利÷收入*稅率
＝毛利率*稅率
前面的過程不重要，結論很重要：
增值稅稅負率＝毛利率*稅率
由此可見，在稅率一定的情況下，增值稅稅負率和毛利率成正比。
毛利率越高，正常情況下的增值稅稅負率也會越高。這是一個顯而易見的邏輯關系。
在稅務稽查實踐中，如果你的公司毛利率和增值稅稅負率偏離過大，很容易被監管系統提示異常。那么在接到稅局自查通知后，你就要深入分析一下造成偏離的原因了，并通過差異分析來判斷自己的增值稅稅額繳納是否合理。
A=理論稅負率=自查期間毛利率*稅率
B=實際稅負率=自查期間實繳增值稅÷收入
B＞A
這種情況下，需要重點查看是否存在進項稅不足的情況
一般來說，企業的進項稅不足的原因有三：
1、未及時向上游公司索取進項發票。
2、受上游供應商的增值稅納稅人身份影響。
3、受自身所處行業的影響。
第一種情況屬于公司日常工作疏漏，采購部門也好財務部門也好一定要及時向供應商索取進項發票，避免時間過長遺漏本該入賬的進項稅票，造成不必要的資金支出。
接下來重點討論第二和第三種情況。
情況2：
受上游供應商的增值稅納稅人身份影響。比如上游供應商是小規模納稅人，只能給你開具3%稅率的增值稅專用發票或者免稅的增值稅普通發票。那么這種情況下可抵扣的進項稅額較少，導致實際稅負率偏高。
例：A公司（一般納稅人適用13%稅率）購買B供應商出售的商品，市場價格為113萬元,B供應商是一般納稅人（適用13%稅率），那么對A公司而言，其成本為100萬元。假設A公司銷售給客戶的價格為226萬元，那么A公司的收入為200萬元，毛利率為50%，實際稅負率和理論稅負率均為6.5%。
若B供應商是小規模納稅人（適用3%征收率），在市場價格不變的情況下，對A公司而言，其成本為109.71萬元。假設A公司銷售給客戶的價格不變，即A公司的收入依舊為200萬元，那么其毛利率為45.15%，理論稅負率為5.87%，實際稅負率為11.35%。
原因就是上游供應商無法提供13%稅率的增值稅專用發票，導致A公司無法足額取得進項稅額，造成稅負過高。
稅負提高的同時也造成了公司的毛利降低，因為在上游供應商價格不變的情況下，進項稅減少，就推高了成本，毛利自然下降。
這時我們就應該采取相應的措施，可以考慮要求上游供應商降低商品價格以彌補我們缺失的利潤。比如：A公司可要求B供應商將價格調整至103萬元，那么對于A公司來說成本依舊是100萬元，利潤沒有損失。
當然，供應商愿不愿意降價、降價多少，還需要綜合考量，畢竟甲方在市場上的話語權也是一個重要因素。
情況3：
受自身所處行業的影響。公司本身是特殊行業，無法取得進項稅發票。比如你的公司屬于軟件技術服務行業，成本以人力成本為主。這時你的實際稅負率也會高于理論稅負率。
例子：C公司是一家技術服務公司（適用稅率為6%），對外銷售服務報價為424萬元，假設其成本均為人力成本，金額為318萬元。那么C公司的收入為400萬元，毛利率為20.5%，理論稅負率為1.23%，實際稅負率為6%。
原因自然是大部分成本都是人力成本，C公司無法取得進項稅發票，導致稅負過高。
同樣進項不足也影響了公司的毛利率。試想一下若能夠取得318萬元的進項發票（稅率為6%），那么C公司的毛利率將為25%，實際稅負率等于理論稅負率等于1.5%。
這時，我們可以向下游提高服務價格來彌補自己損失的利潤；還可以通過與人力外派或勞動外包的機構合同，以索取人力資源服務發票的方式來取得進項稅發票。
當然，公司應當基于自己的實際情況選擇解決問題的方式方法，切莫盲目跟從。
一般情況下，稅務機關會重點關注這類企業。
對稅務機關來說，實際稅負率遠低于理論稅負率，這家公司很有可能從上游企業取得了大量的虛開的增值稅專用發票，毫無疑問是重點盤查對象。上游企業也很有可能被連帶審查。
對于企業來說，需要重點查看短期內是否購入了大量的固定資產和庫存商品，如果是這些原因造成的，那么你的這種情況就是正常的，你可以向稅務機關出具相應的情況說明。
實繳增值稅是否合理，是否多交，可以通過比較實際稅負率和理論稅負率的偏差來判斷。
1、實際稅負率和理論稅負率的偏差不大甚至是沒有偏差，那么即便是實繳的增值稅很多也是正常的，說明企業的毛利很高。
2、實際稅負率遠高于理論稅負率，就應該分析上游供應商和自身行業的特點，還應該考慮增值稅是否有通過價格進行傳導，影響了公司的毛利，若有影響就應該向上游或下游企業進行價格談判，把缺失的利潤通過價格來彌補。一般為向供應商壓價或向客戶提價。
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