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一、傳染病菌種毒種擴散罪處罰
根據(jù)《刑法》第三百三十一條之規(guī)定，犯本罪的，處三年以下有期徒刑或者拘役;后果特別嚴重的，處三年以上七年以下有期徒刑。
加重處罰事由犯傳染病菌種、毒種擴散罪而后果特別嚴重的，是本罪的加重處罰事由，這里的后果特別嚴重，是指致使多人死亡或者殘疾的等。
二、傳染病菌種毒種擴散罪的認定
(一)本罪與一般違法行為的界限
傳染病菌種、毒種擴散罪與違反國務(wù)院衛(wèi)生行政部門作出的有關(guān)傳染病菌種、毒種的實驗、保藏、攜帶、運輸?shù)囊?guī)定的一般違法行為有某些相似之處，如二者都是違反了有關(guān)規(guī)定，主觀上對可能發(fā)生或已經(jīng)發(fā)生的危害結(jié)果所表現(xiàn)出的心理狀態(tài)均為過失，等等。二者的主要界限應(yīng)從危害結(jié)果上把握：前者必須造成了傳染病菌種、毒種擴散，并且引發(fā)了嚴重后果;后者則可能是并未引起菌種、毒種的擴散，或者是雖已造成傳染病菌種、毒種的擴散，但帶來的后果并不嚴重。
(二)本罪與危險物品肇事罪的區(qū)分
危險物品肇事罪，是指違反爆炸性、易燃性、放射性、毒害性、腐蝕性物品的管理規(guī)定，在生產(chǎn)、儲存、運輸、使用中發(fā)生重大事故，造成嚴重后果的行為。其區(qū)別表現(xiàn)在：
第一，二者侵害的主要客體不同。本罪侵害的主要客體是國家關(guān)于傳染病防治的管理制度;而后者侵害的主要客體則是公共安全;
第二，犯罪對象的性質(zhì)不同。作為危險物品肇事罪的犯罪對象之一毒害性物品應(yīng)是指敵敵畏、敵百蟲、砒霜、氰化鉀、氰化鈉、氧化樂甲等無機物，強調(diào)的是其劇毒性;而傳染病菌種、毒種屬有機物，其主要特點是傳染性，兩者存在顯著差異。
第三，犯罪主體不同。前者的犯罪主體是特殊主體，即只限于從事實驗、保藏、攜帶、運輸傳染病菌種、毒種的人員;后者的犯罪主體是一般主體，任何具備刑事責任能力的自然人均可構(gòu)成該罪。
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